一直到民国四年五月三十一日，袁世凯才明确王士🆈珍代理陆军总长，并发表明令给段祺瑞。放其病假两月，支人参四两，医药费五千元。
命令如下
“前据陆军总长段祺瑞呈称自去冬患病，饮食顿减，夜不成寐，迄至今春，遂致咯血，多方诊治，时轻时重。医言血亏气郁，脾弱肺热，亟当🖃静养，服药方能有效，迄今四月有余，方值国家多故，未敢言病。
“现大局稍就平定，拟请开去差缺，俾得安心调理，冀获速痊🚻等情。🕟当传谕少给假期调养。兹据续请开去各项差🝉缺，俾得安心调养，庶获就痊。
“查自辛亥改革以来，该总长勋劳卓着，艰险备尝。民国初建，忧患迭乘，数年经营，多资臂助，因而积勤致血衰气弱，形容羸削，迭于会议🖃之时面谕该总长酌于一星期抽两三日赴西山等处清静地方调养休息，以期气体复强，而该总长以国事为重，仍不肯稍🏌😩就暇逸，尽瘁国事，殊堪嘉敬。
“兹据呈请开缺，情词肫挚，本大总统为国家爱惜人才🁎🄦⛙，未便听其过劳，致增病势，特着给假两个月，并颁给人参四两，医药费五千元，以资摄卫。该总长务以时局多艰为念，善自珍重，并慎延名医，详察病源，多方施治，切望早日就痊，立即销假。其在假期内如有军务⛶🞻🙓重要事件，仍着随时入内会议，以抒嘉谟而裨国计。此令！”
段祺瑞正式解除陆军总长职务是这🚁🐛年的八月二十九🆈日，与这命令同时公布的，🌐♸是正式由王士珍接任陆军总长的职务。
段祺瑞离职后不久，袁世凯便指使肃政厅🕓🆕弹劾徐树铮订购外军火浮报四十万元，📟🜃免去他陆军次长职😑，以田中玉继任。
袁世凯与段段祺瑞之间，由于段的病假，袁的明令给假种种🖽😇⚷而惹起许多流言。争传二人已正式决裂，而很多迹象也表明此非无穴来风，两个人之间的问题早已摆在了明处。袁世凯越做作，越启人疑窦。北洋将领之间未尝没有矛盾纠葛，但兔死狐悲，尤其是徐树铮的被处罚，段祺瑞派系中人更是人人自危。
此地无银，八月三日段祺瑞发表通电辟谣
“廿年前大总统在小站练兵时，祺瑞以一武备学生充下级武秩，与大总统素无🌐♸关系，乃承采及虚声，立委为炮队统带，升任统制，不数年由千总微秩，擢道员、总兵、副都统各职。及大总统东山再起，祺瑞复见任湖广总督、陆军总长各职，以大总统知祺瑞之深，信祺瑞之坚，遇祺瑞之厚，殆无可加。
“是以感恩知己，数十年如一目，分虽部下，情逾骨🐊♳🌚肉。近数年来，祺瑞因吐血失眠，吁恳息肩，乃包藏祸心之某国报纸，以挑拨离间之诡计，直欲诬祺♷🌿🄹瑞为忘恩负义之徒，甚至伪造被人行刺之谣，更属毫无💆🏤影响，不得不略表心迹以息讹言。”
很多时候，官场是谣言越辟越真。段祺瑞所谓行刺及某国报纸，原来是这样的陆军部曾发生茶役偷置案，日本报纸有意挑拨，说这是⛡🛻袁世凯欲谋杀段祺瑞的政治阴谋。
北洋军人🔛🁘都认为，袁世凯和段祺瑞分家的导火线，是袁克定编练“模范团”触发的。
袁世凯自小站练兵起，历🖜📜🛫来把军权死死抓在手里。不过自他当总统后，已经有心而无力。久而久之，袁世凯觉得自📪己对北洋军已经失去控制。
加之常有人在他耳边吹风，说北洋军的方🕓🆕方面面已经过时，中国急😎需缔造一支新型的军队，就像袁世凯当年在小站练兵一样，所谓从头再来。
开始，袁世凯♽没怎么动心思，但三🚁🐛人成虎，时间久说得多了，袁世凯便不能不重视了。
在大元帅统🛡率办事处未成立时，袁克定便经常和德国的🁎🄦⛙丁克满少校，法国的白礼苏中校讨论军事学和训练新军的问题。
为了建立起一支更新的新军，袁克定向袁世凯建议，在统率办事处下面成立一个模范军。由大元帅兼模范军军长，这个计划和清末宣统年间摄政王载沣集中兵权于皇室中央，组织禁卫军而自为统帅一🚂🐤🁶样。模范军预定先成立两个模范师，中级军官尽量用留学生，下级军官则用军官生和速成生。